Третий сезон «Дневника Ятогамэ» начинается с того, что привычный мир Тайчи Ятогамэ окончательно трещит по швам. После событий второго сезона он, наконец, обретает долгожданное спокойствие: его чувства к Кёко взаимны, а друзья-призраки, кажется, нашли свой покой. Но идиллия рушится, когда в городе начинают пропадать люди, а на месте их исчезновений находят странные, выжженные символы. Тайчи понимает, что это не обычные проделки ёкаев. Вскоре выясняется, что в мир живых просачивается нечто древнее — сущность, питающаяся не страхом, а самой памятью. Она стирает людей из реальности, оставляя лишь пустые оболочки. Кёко начинает видеть кошмары, в которых она теряет Тайчи, а сам он замечает, что его дневник, ранее служивший ключом к пониманию потустороннего, начинает писать сам себя, предсказывая события, которых ещё не произошло. Тайчи оказывается в ловушке: чтобы спасти город, ему придется использовать дар, который медленно уничтожает его рассудок.
В то же время на сцену выходит загадочная девушка по имени Рин, которая утверждает, что знает истинную природу проклятия Ятогамэ. Она раскрывает Тайчи шокирующую правду: его способность видеть духов — не дар и не проклятие, а результат древнего договора, заключенного его предками с хранителем границы между мирами. Этот договор требует жертвы, и срок оплаты наступает именно сейчас. Тайчи предстоит сделать невозможный выбор: либо отказаться от дара и навсегда потерять способность видеть Кёко и друзей, либо принять свою роль хранителя равновесия, что означает вечную борьбу с тьмой в одиночестве. Кульминацией сезона становится битва не с монстрами, а с собственным страхом забвения. В финале Тайчи понимает, что дневник — это не просто записи, а его связь с миром, и единственный способ победить древнее зло — это написать новую историю, в которой даже призраки могут обрести будущее. Сезон заканчивается на горько-сладкой ноте: граница восстановлена, но цена, заплаченная Тайчи, навсегда меняет его и всех, кто ему дорог.
