Третий акт разворачивается в мире, который уже не спасти. После катастрофы, устроенной Гэндо Икари, поверхность Земли превратилась в багровую пустошь, залитую LCL-кровью. Синдзи, сломленный виной за гибель Каору и инициированную им Третью ударную волну, блуждает по этой пустоши вместе с Мари и Аской. Они находят убежище в уцелевшей деревне, где живут выжившие, включая Тодзи и Кенске. Здесь, вдали от Nerv и Wille, Синдзи впервые сталкивается с обычной жизнью — работой в полях, готовкой, тихими разговорами. Рей, которая теперь носит имя и тело другой девушки, пытается понять, что значит быть человеком, наблюдая за ритуалами повседневности. Но идиллия рушится, когда Мисато и Вилле запускают последнюю операцию по уничтожению Nerv. Синдзи, обретя крупицу воли к жизни, решает не прятаться, а встретиться с отцом лицом к лицу, чтобы положить конец бесконечному циклу боли.
Финальная битва перестает быть сражением роботов с ангелами. Гэндо, используя Евангелион-13, запускает проект совершенствования человека, стирая границы между душами и превращая мир в однородный океан LCL. Синдзи проникает в самое сердце этого процесса — в пространство, где время и реальность сплелись в клубок воспоминаний. Там, в метафизической пустоте, он встречает не только отца, но и тени всех, кого потерял: Юи, Каору, Нагису. Вместо того чтобы сражаться, Синдзи вступает в диалог. Он понимает, что Гэндо тоже был жертвой собственной травмы и желания вернуть жену. Синдзи принимает боль, страх и одиночество как часть себя, но отказывается от иллюзии слияния. Он выбирает реальность — несовершенную, полную ран, но настоящую. В финале, когда Евангелионы исчезают, а мир пересоздается, Синдзи, Аска, Мари и Рей остаются на пустой станции. Мари, как проводник в новую жизнь, снимает с Синдзи ошейник-взрыватель и уводит его за собой. Мир возрождается без Евангелионов, оставляя героям шанс на взросление, прощение и, возможно, счастье, которое они так долго искали.
