Первый сезон закончился на горькой ноте: Ятогамэ, наконец, осознавший ценность дружбы и собственных чувств, теряет Мию. Девушка, пожертвовав собой, стирает свою личность, чтобы спасти его от проклятия «Дневника Судьбы». Второй сезон начинается с того, что Ятогамэ возвращается в пустую школу, где каждый уголок напоминает о ней. Он снова берет в руки дневник, но тот больше не предсказывает будущее — он показывает лишь прошлое, застывшие моменты счастья, которые теперь причиняют боль. Парень пытается жить дальше, но мир вокруг будто сходит с ума: в реальности начинают появляться «тени» — искаженные версии людей, чьи судьбы были переписаны дневником. Эти существа охотятся за Ятогамэ, стремясь поглотить его волю и завершить начатое. Вскоре выясняется, что исчезновение Мии было не просто жертвой, а частью более сложного механизма: её личность не уничтожена, а заперта в «нулевом слое» реальности — пространстве между страницами дневника.
Ятогамэ понимает, что единственный способ спасти Мию и остановить хаос — это снова стать хозяином дневника, но теперь уже не как инструмента предсказаний, а как ключа к перезаписи самой реальности. Ему предстоит столкнуться с новыми врагами — теми, кто когда-то тоже владел дневниками и теперь жаждет заполучить его силу. Среди них загадочная девушка в белом, которая утверждает, что знает истинную природу «Дневника Судьбы» и предлагает сделку: вернуть Мию в обмен на полное уничтожение всех воспоминаний Ятогамэ. Параллельно он встречает мальчика, который называет себя новым владельцем дневника, но его записи пусты — он лишь наблюдает за чужими судьбами, не имея своей. В попытках пробиться к Мие, Ятогамэ придется переосмыслить каждое свое решение, каждую запись в дневнике, и понять, что судьба — это не цепь неизбежных событий, а выбор, который делаешь здесь и сейчас. Финал сезона ставит героя перед невозможным выбором: спасти Мию, стерев себя из истории всех, кого он знал, или отпустить её навсегда, приняв пустоту в своем сердце.
