Академия-Сити, город, где наука и технологии переплелись с паранормальными способностями. Здесь, среди бесконечных экспериментов и политических интриг, Микото Мисака, третья по силе эспер в городе, сталкивается с новой угрозой. Всё начинается с серии загадочных инцидентов: дети с нераскрытыми способностями начинают впадать в кому, а по улицам расползаются слухи о таинственной организации, проводящей жестокие опыты. Микото, привыкшая решать проблемы прямым ударом молнии, оказывается втянута в водоворот событий, где её сила бессильна против хитроумных планов врагов. Ей предстоит не только защитить подруг — наивную Куроко, вечно голодную Уихару и загадочную Сякугодзё, — но и столкнуться с тёмной стороной собственного прошлого. В то время как город готовится к фестивалю Дайхасэй, на горизонте уже маячит фигура, способная перевернуть всё, что Мисака считала незыблемым.
Параллельно развивается линия сёстры-клоны и эксперимент «Радио-нойз», который грозит уничтожить не только Академию-Сити, но и саму суть человеческой воли. Микото вынуждена объединиться с неожиданными союзниками, включая таинственного мальчика-эспера, чьи мотивы остаются неясными до самого конца. Каждый новый поворот сюжета обнажает всё более мрачные тайны: от манипуляций Совета директоров до запретных технологий, стирающих грань между человеком и машиной. В финале, когда ставки становятся смертельно высокими, Мисака понимает, что её молнии — лишь инструмент, а настоящая сила кроется в способности доверять другим и принимать помощь. Но успеет ли она остановить катастрофу, когда каждый шаг приближает её к выбору между долгом и дружбой, между правдой и иллюзией?
