Молодой археолог Кай, исследуя руины древней цивилизации, случайно активирует артефакт, который разрывает ткань реальности. Вместо того чтобы оказаться в прошлом, он проваливается в мир, где магия переплетена с технологией, а континенты парят в небесах. Его единственная связь с домом — таинственный кристалл, встроившийся в его руку, который иногда показывает видения Земли, но не может указать путь назад. В этом новом мире, Аэрисе, Кай обнаруживает, что его кристалл — легендарный Ключ Бездны, предмет, способный открывать врата между мирами и потому разыскиваемый как имперской армией, жаждущей завоеваний, так и культом фанатиков, мечтающих о разрушении барьеров между реальностями.
Вынужденный скрываться и не доверяя никому, Кай встречает Лиру, циничную наемницу-пилота, которая управляет старым, но верным воздушным кораблем. Сначала видя в нем лишь источник наживы, она постепенно проникается к его отчаянной попытке вернуться домой. Их путешествие через парящие города и опасные пустоши превращается в бегство от могущественных сил, желающих завладеть Ключом. По пути они собирают разношерстную команду: учёного-еретика, сомневающегося в официальной истории мира, и бывшего солдата империи, искупающего прошлые грехи. Вместе они начинают раскрывать шокирующую правду: Аэрис и Земля не так далеки, как кажется, а катастрофа, едва не уничтожившая этот мир век назад, имеет прямую связь с исчезновением легендарной Атлантиды. Возвращение Кая домой становится не просто личным quest’ом, а ключом к предотвращению новой катастрофы, которая грозит поглотить оба мира.